和Windows BitLocker一样，Encrypting File System（EFS，加密文件系统）是Windows内置的一套基于公共密钥的加密机制，可以加密NTFS分区上的文件和文件夹，能够实时、透明地对磁盘上的数据进行加密。
加密操作
加密方法用户是透明的，文件加密之后，不必手动解密，使用者能自动打开加密文件，而其他用户则无法打开加密文件。
加密的方法很简单，在任何一个NTFS分区的目录或文件下，右击要加密的文件或文件夹；然后单击“属性”，在“常规”选项卡上，单击“高级”按钮；在弹出的窗口中，勾选“加密内容以便保护数据”复选框；点击“确定”即可，在关闭文件时文件即被加密。
在默认情况下，被EFS加密的文件或文件夹在资源管理器中会显示为绿色，这表示该文件或文件夹已经被EFS加密了。
如果不再希望对某个文件实施加密，清除该文件的属性中的复选框即可。
备份密钥
ESF加密操作虽然简单，但是如果用户重装了系统，以后即使利用原来的用户名和密码，也无法打开EFS加密文件(夹)，因此用户应该及时备份密钥，这样以后即使重装系统，也能打开加密文件。
在进行加密操作后，Windows系统状态栏会自动提示用户进行备份加密密钥，点击后会出现“备份文件加密证书和密钥”的对话框，选择“现在备份”，会出现证书导出向导。
点下一步导出文件格式选项里，选择默认的“个人信息交换”。
再点下一步输入密码，这个密码是恢复证书要使用的密码，然后点下一步，选择保存地址，然后即可将证书文件成功导出。
如果用户没有点状态栏的图片即时进行备份密钥，也没有关系，还可以通过手动备份的方式进行密钥备份，方法是：点击菜单“开始”-“运行”，键入certmgr.msc打开证书管理器，点击“个人”-“证书”，只要以前做过加密操作，右边窗口就会有用户名同名的证书，假如有多份证书，选择“预期目的”为“加密文件系统”的；右击“证书”，在菜单中选择“所有任务”-“导出”。
之后会弹出一个“证书导出向导”窗口，在窗口中选取“导出私钥”，并按照向导的要求，输入密码保护导出的私钥，选择保存证书的目录，最后就完成了证书文件的导出工作。
加密的优点
EFS加密基于公钥加密策略，使用了一种快速的对称加密算法用一个随机生成的文件加密密钥（file encryption key，FEK）对文件或文件夹进行加密，加密不同的文件或文件夹时使用的密钥也不相同。
EFS加密的用户验证过程是在登录Windows时进行的，只要登录到Windows，就可以打开任何一个被授权的加密文件。所以这就是为什么EFS加密后的文件夹或文件，用户几乎无法感觉到加密效果的原因。
从操作的便利性来说，由于EFS的密码和用户登录Windows密码集成在一起，因此无需输入密码即可解密文件，操作甚为方便。
加密的缺点
不过，相比Bitlocker来说，EFS加密拥有几个重大的缺点。
首先，如果在重装系统前没有备份加密证书，重装系统后EFS加密的文件夹里面的文件将无法打开，即使用户使用原先的密码登录，也不能解密文件。
其次，对于多用户操作同一台电脑的情况，另一个用户虽然无法看到加密的文件内容，但是依旧可以看到加密的文件夹名称和文件名称，从而获得一些信息，此外，如果加密时候使用默认权限，其他用户还可以对EFS加密的文件和文件夹进行删除操作，因此，用户在使用EFS加密的时候，需要在“属性”-“安全”选项里设置一下文件或文件夹的访问权限，以防止他人查看或删除。
对于多用户使用同一台电脑还有一个有意思的情况，如果多用户都有管理员权限，那么修改另一个用户的密码，并用这个用户的身份登录系统后，并不能访问被EFS加密后的文件，因为用户密码被他人修改，但如果是用户自己对密码进行修改（需要输入旧密码的方式修改），那么用户依然可以打开被EFS加密的文件。
对于未设置访问权限的EFS加密文件是进行解密的前提条件是：知道用户帐户的登录密码，该被删帐户的配置文件必须存在，因为加密后的私钥和主密钥(还包括证书和公钥)，都保存在配置文件里，如果以上两个条件满足，那么先从旧的配置文件里面获得被删帐户的SID（在配置文件目录\Application Data\Microsoft\Crypto\RSA 下有一个以该帐户的SID为名的文件夹，然后新建一个用户，用newsid工具把SID改的和原来一样，然后用新用户登录，随便加密一个文件，再注销，把旧的配置文件覆盖新用户的配置文件，再用新用户登录进去就可以解密其它文件了。
Bitlocker和EFS的对比
Bitlocker主要用于加密整个驱动器、外部硬盘、U盘等，EFS主要用于加密单个文件或文件夹。
Bitlocker不依赖用户账户，对于所有用户都是同样的状态（打开或关闭），EFS的加密依赖用户账户，如果电脑有多个用户，每个用户都可以独立加密自己的文件。
Bitlocker必须是管理员用户才能使用，EFS不需要管理员权限即可使用。